Школа
В рамках конференции вновь пройдет школа для молодых ученых. Цель школы – познакомить участников с самыми современными методами молекулярной биологии, которые могут быть использованы ими в дальнейшей научной деятельности. В этом году запланированные мастер-классы и семинары будут посвящены методам секвенирования РНК единичных клеток и биоинформатическому анализу данных.
Компания “SkyGen” поставляет оборудование, реагенты и расходные материалы для исследований в области life sciences, а также биотехнологических и фармакологических производств. В частности, компания является эксклюзивным дистрибьютором продукции “10x Genomics”. Компания “10x Genomics” предлагает уникальные системы пробоподготовки к высокопроизводительному анализу генома, экзома, транскриптома, CNV и др. единичных клеток методом NGS на платформе Illumina.
Genotek —высокотехнологичная компания, оказывающая услуги в сфере генетических исследований. Основные направлений деятельности компании: потребительская генетика (линейка различных генетических тестов), разработка и производство тест-систем для диагностики инфекций, услуги по молекулярной биологии и биоинформатике для НИИ, медицинских организаций, фармацевтических компаний и агрохолдингов. Компания использует полный спектр современных технологий анализа геномных и транскриптомных данных для решения различных исследовательских задач. Также в компании Genotek имеется сильная команда биоинформатиков.
Компания "Биолабмикс" занимается разработкой и производством компонентов для ПЦР-диагностики и молекулярно-биологических исследований. Продукция компании - это реагенты, ферменты и наборы для исследовательских работ в области молекулярной биологии, генной инженерии и биохимии.
Национальный исследовательский университет ИТМО
Руководитель исследовательских и образовательных проектов компании «Genotek»
Лаборатория биологии опухолевой прогрессии, НИИ Онкологии Томского НИМЦ
Факультет фундаментальной медицины, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова
Участие по предварительной записи, ссылка на форму
10:00–11:00 Chromium Controller (10x Genomics): основы работы
Т.А. Ягудин (ООО «СкайДжин»)
Семинар с демонстрацией работы прибора Chromium Controller (10x Genomics).
Участие по предварительной записи, ссылка на форму
12:30–17:30 Выявление мутаций в генетически модифицированных клетках
Д.И. Виноградов (ООО «Биолабмикс»)
В рамках данного мастер-класса планируется проведение анализа изменений в геноме модифицированных клеточных линий гепатоцеллюлярной карциномы человека HEPG2, которые подверглись редактированию с помощью системы CRISPR/Cas9. Программа мастер-класса включает в себя несколько теоретических и практических блоков. (подробная программа – в форме записи)
Участие в семинарах без предварительной записи
11:00–12:00 Современные технологии секвенирования: от метагеномного анализа до секвенирования РНК
Д.М. Кривошеев (к.б.н., руководитель исследовательских и образовательных проектов компании «Genotek»)
Лекция будет посвящена развитию технологий секвенирования. Особое внимание будет уделено технологиям высокопроизводительного секвенирования и применению этих технологий в практике медицинских и агробиологических исследований.
12:00–12:30 Кофе-брейк
12:30–14:30 Введение в секвенирование РНК одиночных клеток (single-cell RNA-seq)
К.В. Зайцев (Национальный исследовательский университет ИТМО)
В рамках этого семинара вы узнаете про технологии секвенирования РНК одиночных клеток, а также как совершаются базовые шаги анализа данных scRNA-seq: нормализация, понижение размерности, кластеризация и аннотация популяций.
Для участия в практической части семинара обязательно наличие ноутбука с установленной программой R-studio и необходимым списком пакетов для языка R.
Ссылка на Rstudio: https://rstudio.com/products/rstudio/
Необходимый список пакетов для языка R:
Seurat, ggplot2, MAST, dplyr, Matrix
Их можно установить с помощью команд:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")
if (!requireNamespace("Seurat", quietly = TRUE)) install.packages("Seurat")
if (!requireNamespace("ggplot2", quietly = TRUE)) install.packages("ggplot2")
if (!requireNamespace("MAST", quietly = TRUE)) BiocManager::install("MAST")
if (!requireNamespace("dplyr", quietly = TRUE)) install.packages("dplyr")
if (!requireNamespace("Matrix", quietly = TRUE)) install.packages("Matrix")
Для проверки установки используйте команды:
library(Seurat)
library(Matrix)
library(MAST)
library(ggplot2)
library(dplyr)
14:30–15:00 Кофе-брейк
15:00–16:00 Возможности мультиомиксного анализа на примере секвенирования РНК единичных клеток
А.А. Хозяинова (НИИ Онкологии Томского НИМЦ)
Cеквенирование РНК единичных клеток (scRNA-seq) является эффективным инструментом для анализа транскрипционной гетерогенности клеток и понимания их роли в формировании и функционировании тканей и органов в норме и патологии. Стандартный биоинформатический анализ данных scRNA-seq включает в себя идентификацию клеточных субпопуляций и экспрессирующихся генов, оценку клеточных типов и получение информации о генных регуляторных сетях. Однако, данные scRNA-seq содержат достаточный потенциал и для проведения "нетривиальных" биоинформатических манипуляций, начиная от идентификации однонуклеотидных замен и оценки плоидности ДНК и заканчивая реконструкцией пространственной транскриптомики de novo.
16:00–17:00 Биоинформатическая обработка данных scRNA-seq. Кластеризация, типирование, траектория развития, RNA-velocity
М.С. Арбатский (МГУ им. М.В. Ломоносова)
На лекции участники узнают о возможностях scRNA-seq. Сравнение с bulkRNA-seq, платформы для обработки данных scRNA-seq, Cell Ranger, Loupe Browser, Seurat, типирование клеток (ручное и автоматическое, использование методов машинного обучения), построение траекторий развития (латентное время, псевдовремя), RNA-velocity (стационарная, стохастическая, динамическая модели).
